На около 1,5 km от сегашния манастир "Св. 40 мъченици", в местността Ушите, са намерени развалини от средновековен манастир, за които се предполага, че са от времето на цар Иван Асен II. При завладяването на България от Османската империя този манастир е бил разрушен, а имотите му са минали в ръцете на турски бейове. Манастирът е бил опожарен, заедно със заключените в него монаси. Турските войски
запалват селското светилище, за да покажат на селяните мощта си. В средата на XIX век богатият еленчанин хаджи Кесарий Хорозов изкупува бившите манастирски имоти. През 1853 г. построява църквата и жилищните сгради със собствени средства и става игумен на новооткрития манастир.
Църквата е еднокорабна сграда с обширно преддверие и висок купол. Първоначално не е била изографисана. След реставрацията ѝ през 1982-1984 г. е изрисувана със стенописи. Запазени са някои икони от 19 век, рисувани предимно от представители на Тревненската школа като зограф Ценю Симеонов. По време на освободителните борби на българите игуменът Кесарий Хорозов участва във Велчовата завера, а по-късно става сподвижник на Васил Левски. Архимандрит хаджи Кесарий е завършил духовна семинария в Букурещ, което не му пречи да се прояви и като умел строител – чешмата, която построил в двора, както и високите зидове, с които оградил манастира, се ползват и до днес. Игуменът открил и вечерно килийно училище в манастира, което се посещавало от жители както на Мерданя, така и на околните села.
След смъртта на хаджи Кесарий през 1893 г. повечето от монасите напуснали манастира, който постепенно западнал.
Мерданският манастир “Св. 40 мъченици” се намира във Великотърновската епархия. Разположен е в Търновските височини на Средна Стара планина, на около 14 km югоизточно от Велико Търново, в западния край на село Мерданя. Манастирът е построен през 13 век, по времето на Втората българска държава, а е възобновен през 19 век. Сега е действащ девически манастир. Храмовият празник е на 9 март.
“Св. 40 мъченици” представлява комплекс от черква, жилищни и стопански сгради. Църквата е еднокорабна, едноапсидна сграда с 2 конхи, с притвор и купол върху висок барабан. Построена е през 1876 г. с помощта на хаджи Кесарий Хорозов от Елена, който става игумен на манастира. Според легендата, манастирът е основан на мястото, където търновският патриарх Йоаникий II посреща тържествено цар Иван Асен II след победата му при Клокотница, станала в деня на празника на св. 40 мъченици Севастийски. Новопостроеният манастир е на достъпно място в края на село Мерданя, а т.нар. стар манастир, който е построен първи след победата на цар Иван Асен ІІ, се намира в близкия лес, но за съжаление от него вече са останали само почти незабележими руини. Манастирският комплекс е обявен за паметник на културата.
Мерданя е много старо селище. За това свидетелстват археологическите находки, които се съхраняваха в училищния музей. Част от тях са свързани с живота на траките в нашите земи. Тук са живели траки от племето кробизи. От тези времена в землището на Мерданя има три почти унищожени селищни могили. Едната е в близост до чешмата Мочура, известна като Дайча, другата е в местността Керената (Черковиното), и третата - в местността Дрисля. В тези могили са открити находки от неолита и халколита - глинена лампа, тежести за стан, меден меч и от по-късни времена - келтски шлем. През землището е преминавал римския път от юг на север Via Vita (Пътя на живота). Над сегашното село на хълма Манастирска гора се е намирала римска наблюдателна кула и пътна станция.
