21/09/2024
🧬 Depuis longtemps, l’humain a cherché à organiser et classer le vivant, et l’idée d’espèce est née assez tôt. Mais définir précisément ce qu’est une espèce reste un casse-tête, car ça dépend de la définition qu’on adopte. En réalité, cette notion est une construction humaine, basée sur des critères qu’on choisit, et ne reflète pas forcément une réalité naturelle.
Alors, la biologie moléculaire est-elle la dernière grande révolution dans cette quête de catégorisation ? Elle semble prometteuse pour enfin définir clairement la frontière entre les espèces. Pourtant, l’étude des champignons montre que ce n’est pas si simple. On utilise souvent la région ITS pour identifier les champignons, mais est-ce vraiment infaillible ? Pas vraiment.
La région ITS, qui ne code pas de protéines, mute plus rapidement que les régions codantes, car ces mutations n’ont pas de conséquences directes sur l’organisme. Cela en fait un outil utile pour suivre l’évolution des champignons. Cependant, deux gros problèmes se posent : d’une part, cette région ne colle pas toujours à ce qu’on entend par “espèce”. Chez certaines espèces polymorphes, elle peut être identique, alors que les individus semblent clairement différents, comme c’est souvent le cas avec les Amanites 🍄. À l’inverse, chez des espèces cryptiques — des champignons qui se ressemblent beaucoup mais présentent des différences génétiques — on observe des divergences importantes dans cette même région.
Donc, la région ITS, seule, ne suffit plus. La phylogénie moléculaire doit s’élargir à d’autres régions du génome comme LSU, SSU, RPB1 et RPB2. Mais là encore, en explorant ces autres régions, ne risquons-nous pas d’introduire un nouveau biais subjectif, un peu comme quand on a décidé que l’ITS serait notre critère de référence ?
Dans le domaine des champignons du bâtiment, cette complexité, on la connaît bien… Cela nous pousse à revoir constamment la définition de nos amorces et à séquencer tous nos échantillons pour compléter nos analyses et enrichir nos bases de données. Ce travail est bien plus compliqué qu’on ne l’imaginait au départ, mais on le fait avec passion. Nos collaborations avec les acteurs mycologiques du nord, pour séquencer la biodiversité fongique, nous aident aussi à mieux comprendre les forces et les limites de ces régions ADN. Bref, plonger dans la biologie moléculaire des champignons, c’est une aventure à la fois technique et passionnante, et on adore ça 😉
